Sagawa Issei sinh ngày 26 tháng 4 năm 1949 tại Kobe, tỉnh Hyōgo, trong một gia đình giàu có. Cha của Sagawa, Akira Sagawa, là một doanh nhân từng là chủ tịch của Kurita Water Industries, và ông nội của anh là biên tập viên cho tờ The Asahi Shimbun. Theo báo cáo, Sagawa sinh non và nhỏ đến mức có thể nằm gọn trong lòng bàn tay của cha mình, và ngay lập tức bị viêm ruột, một căn bệnh về ruột non. Sagawa cuối cùng đã hồi phục sau vài lần tiêm kali và canxi trong nước muối. Sức khỏe yếu ớt và tính cách hướng nội của Sagawa khiến anh phát triển niềm yêu thích văn học. Sagawa theo học tại các trường học ở Kamakura, tỉnh Kanagawa, nơi anh lần đầu tiên trải nghiệm ham muốn ăn thịt đồng loại khi học lớp một, sau khi nhìn thấy đùi của một nam giới. Trong một cuộc phỏng vấn năm 2011 với Vice, Sagawa kể rằng khi còn trẻ, anh đã tham gia thú ăn thịt với con chó của mình và trải qua ham muốn ăn thịt đồng loại đối với phụ nữ. Sagawa theo học Đại học Wako và hoàn thành bằng thạc sĩ Văn học Anh tại Đại học Kwansei Gakuin.

Năm 24 tuổi, khi đang theo học Đại học Wako ở Tokyo, Sagawa theo một phụ nữ cao lớn người Đức về nhà, sau đó đột nhập vào căn hộ của cô khi cô đang ngủ. Mục đích của Sagawa là ăn thịt cô bằng cách cắt một phần mông của cô và lẻn đi với một phần nhỏ thịt của cô, nhưng cô tỉnh dậy và, Sagawa thừa nhận, sau đó anh ta bị đẩy xuống đất. Sagawa bị cảnh sát bắt và buộc tội cố gắng cưỡng hiếp, và không thú nhận ý định thực sự của mình với chính quyền. Các cáo buộc cố gắng cưỡng hiếp của Sagawa đã được bãi bỏ khi cha anh ta trả tiền cho nạn nhân.

Năm 1977, ở tuổi 27, Sagawa chuyển đến Pháp để theo đuổi bằng Tiến sĩ. trong ngành văn học tại Sorbonne ở Paris. Sagawa đã nói rằng khi cư trú ở Paris, "Hầu như đêm nào tôi cũng đưa gái mại dâm về nhà và sau đó cố bắn họ, nhưng vì lý do nào đó mà các ngón tay của tôi cứng lại và tôi không thể bóp cò."